1. 概述

中国科学院高能物理研究所计算中心成立于 1974 年，经过 30 多年的发展，现拥有国内领先的高性能计算平台，包括世界一流的网格站点、大型异构的计算集群、技术先进的存储系统。计算平台服务于BESIII 、大亚湾中微子、江门中微子、HXMT等国内主导的高能物理及天体物理实验离线数据处理、并为高能光源设计、加速器物理研究、理论物理研究、分子动力学及量子化学等研究提供计算服务，计算平台还积极参与国际大型高能物理实验LHC的计算支持。 ​ 目前计算中心的高性能计算平台包括13,500 CPU 核规模的高吞吐量HTCondor计算集群、0.5PFlops的混合GPU与CPU的SLURM计算集群、连接世界各地计算资源的分布计算系统，以及虚拟化计算系统和Hadoop计算集群；总存储量近20PB，包括13PB 的磁盘空间和7PB 的磁带存储。计算平台的网络带宽达到 20GB。除了本地计算集群以外，还提供机器学习运行平台、志愿计算等多种服务。

以下是快速入门流程：

Step 1 账号申请

用户首先需要拥有计算环境用户账号后才能使用计算环境资源。详情可参见账号申请。

Step 2 账号登录

登录结点是用户使用计算资源，调试程序、提交作业的唯一接口。用户用申请的账号和密码连接lxslc7.ihep.ac.cn或lxslc6.ihep.ac.cn。

  • Linux用户

使用linux系统的用户从自己的linux操作系统的字符终端直接用ssh命令登录lxslc7.ihep.ac.cn：

$ ssh –l username lxslc7.ihep.ac.cn

根据提示输入正确密码，即能成功登录进入lxslc机器上的个人账号。

  • Windows用户

使用windowns操作系统的用户需要安装ssh登录软件，如putty或SSH Secure Shell Client 等。

以SSH Secure Shell Client为例来描述连接lxslc7.ihep.ac.cn的过程：

a.下载后SSH Secure Shell Client软件，安装成功后运行SshClient.exe文件，将弹出

图1-1 运行SshClient.exe

b.在Host Name一栏里填写”lxslc7.ihep.ac.cn”后，用鼠标点击“Connect”按钮。按照屏幕提示输入密码即可成功登录。

图1-2 输入密码

Step 3.1 HTCondor作业

HTCondor是一款在高能物理计算领域较流行的开源批处理系统，支持大规模计算集群，具有较高灵活性，特别适用于高能所高吞吐量的作业与计算资源调度。根据计算集群的实际情况，计算中心优化HTCondor功能与性能以及开发集中管理、监控等配套系统，部署实施了基于HTCondor的高吞吐量调度系统。目前HTCondor系统支持BES、JUNO、DYW、LHAASO、HXMT等高能所绝大部分实验。

为了方便用户使用计算系统管理作业，计算中心提供hepjob作业管理工具，用来完成作业提交、查询、删除等操作.

说明：HepJob涉及的所有命令都在以下目录，建议将该目录加入用户环境变量 PATH 中 (注意更改操作系统对应的版本，例如，在sl6操作系统下请使用hep_job.sl6)：

  • bash 用户
$ export PATH=/afs/ihep.ac.cn/soft/common/sysgroup/hep_job/bin/:$PATH
  • tcsh 用户
$ setenv PATH /afs/ihep.ac.cn/soft/common/sysgroup/hep_job/bin/:$PATH

提交 HTCodor 计算集群的作业文件必须具备可执行权限。可使用以下命令查看和赋予文件权限：

  • 查看文件权限
$ /bin/ls –l job.sh
-rw-r--r-- 1 jiangxw u07 85 Aug 29 18:23 job.sh

上面的例子中 job.sh 不具有可执行权限，执 行如下命令可赋予文件可执行权限

$ /bin/chmod +x job.sh

再次查询，首列输出信息中多出的‘x’表示可执行权限

$ /bin/ls –l job.sh
-rwxr-xr-x 1 jiangxw u07 85 Aug 29 18:23 job.sh

  1. 作业提交

     $ hep_sub job.sh -g group_name

    job.sh是用户提交的作业脚本，group_name是用户想要使用的资源所属的用户组。其中,-g参数指明的用户组，可以使用hep_sub -h命令查看-g说明信息中，哪些组可以指定。

  2. 作业查询

    （1）根据用户查询作业状态。例如，查询用户user1的作业状态，执行如下命令：

     $ hep_q -u user1

    执行该命令，得到如下输出

    图1-3 hep_q输出示例

    如上所示，JOBID表示作业号，OWNER表示作业所属用户，SUBMITTED表示作业提交时间，RUN_TIME表示作业运行时间，ST表示作业当前状态，PRI表示作业优先级，SIZE表示作业占用虚拟内存大小，CMD表示作业程序名。

    （2）根据作业ID查询作业状态。例如，查询作业ID为3745232.1的作业，执行如下命令：

  3. 作业删除

    （1）根据作业ID删除作业，并支持多个作业同时删除。例如，删除作业3745232，3745233.0，执行命令：

     $ hep_rm 3745232 3745233.0

    （2）依据用户删除作业。例如，删除当前用户所有作业，执行命令：

     $ hep_rm -a

Step 3.2 Slurm作业

  1. 准备作业脚本

    使用自己喜欢的编辑器如vim或者emacs编辑待提交的作业脚本。样例作业脚本可在如下路径中找到 /cvmfs/common.ihep.ac.cn/software/slurm_sample_script

     $ ssh <AFS_user_name>@lxslc6.ihep.ac.cn
 $ cd /cvmfs/common.ihep.ac.cn/software/slurm_sample_script
 $ ls -lht

    图 1-4 slurm模板目录

    最简单的样例脚本为：

     $ cat slurm_sample_script_2.sh

    图 1-5 slurm作业脚本模板

    在脚本中:

    (1) 定义好需要的变量，如VAR1，VAR2；

    (2) 如果需要运行自己的脚本程序，则使用srun命令来启动，并且将/path/to/your/script修改为自己的脚本文件名；

    (3) 如果需要运行并行程序，则首先使用srun命令来触发资源分配，接下来可以使用mpiexec命令来运行并行程序。同样地，/path/to/your/mpi_program需要修改为自己的并行程序路径名。

  2. 提交作业

    脚本文件编辑好以后，准备提交，所使用的提交命令如下所示：

     $ hep_sub -slurm -part <partition_name> -g <group_name> -np <cpu_core_number> slurm_sample_script_2.sh

    其中：

    (1) 是队列名称，可使用的队列名称可使用hep_clus命令查到：

     $ hep_clus -slurm

    得到的结果如下所示：

    图 1-6 hep_clus输出示例

    可使用的队列名称如第一列所示。如果不确定自己需要哪个队列，可使用选项向comp队列提交作业，这是集群的默认队列。

    (2) 是作业所属的组名。例如，如果待提交的作业是属于BES实验的offline组，则使用-goffline来指定作业所属组。

    (3) 是作业运行所需要的CPU核数。例如，如果需要30个CPU核，则使用-np30选项来指定。

    如上所述，如果要向队列comp提交一个作业脚本文件slurm_sample_script_2.sh，该作业属于offline组，并且需要30个CPU核的话，所使用的提交命令为：

     $ hep_sub -slurm -part comp -g offline -np 30 slurm_sample_script_2.sh

    注意事项：

    队列名和作业所属组名必须提供，否则作业提交不会成功。

  3. 查看作业状态

    作业提交以后，hep_sub会返回一个作业id号，该id号可以用来查看作业，所使用的命令为：

     $ hep_q -slurm -i <job_id>

    其中即为hep_sub返回的作业id号。

  4. 获取作业结果

    作业运行结束后，若没有指定输出目录，默认的作业结果将会存放在用户提交作业的目录下，输出文件格式为.out。其中，是作业id号。例如如果作业id号为1234,那么输出文件名称为1234.out。

results matching ""

    No results matching ""